Al Comité Ejecutivo le corresponden fundamentalmente las labores de conducción, representación y difusión de la Asociación. Son parte de él la Presidencia; Vicepresidencias Regionales; Secretaría General Permanente; y el Director del Instituto Ibero Americano de Ministerios Públicos.
Cada dos años el CE es sometido a votación por parte de los miembros, con posibilidades de reelección, exceptuando a la Secretaría General, pues por su carácter de Permanente no es sometida a sufragio.
En la actualidad, el Comité Ejecutivo de la AIAMP se encuentra conformado por:
Presidencia: Fiscalía General de la Nación de Colombia.
Secretaría General Permanente (SGP): Fiscalía General del Reino de España.
Vicepresidencias Regionales:
- Vicepresidencia para la Península Ibérica: Fiscalía General del Principado de Andorra.
- Vicepresidencia para América Central: Procuraduría General de Panamá
- Vicepresidenta para América del Norte y Caribe: Ministerio Público de Cuba.
- Instituto Iberoamericano de Ministerios Públicos: Procuraduría General de la República Dominicana.
Según los Estatutos de la Asociación, este sesiona al menos una vez al año, con el objeto de evaluar el estado de avance de la AIAMP y sus proyectos. Hasta la fecha, se han realizado doce reuniones de este Comité, la última de forma virtual, por motivo de la pandemia del Covid-19, se celebró el 6 de junio de 2022.