El Órgano Judicial, del país, esta organizado por: la Corte Suprema de Justicia como máximo tribunal, luego se cuenta con cuatro Salas ( Constitucional, Penal, Civil y Contencioso Administrativo), las cuales se encuentran en la Capital de la República, seguido se establecen las Cámaras de lo penal, las cuales se encuentran en las Cabeceras Departamentales del país, están tienen como función principal el conocer de los recursos de Apelación, revisión, ampliaciones de extraordinarias del plazo de la instrucción, revisión de medidas, entre otros. Los Tribunales de Sentencia quienes conocen de la Audiencia de Vista Publica o del juicio por Jurados. Los Tribunales de Instrucción, quienes conocen de la etapa ilustratoria o de instrucción dentro del proceso penal y celebran la Audiencia Preliminar en la cual se determina si el caso debe o no pasar a ala siguiente etapa procesal que en este caso seria la Audiencia de Vista Publica. Los Tribunales o Juzgados de Paz los cuales reciben el requerimiento fiscal presentado por la Fiscalía General de la República y celebran la Audiencia Inicial, en la cual se debe determinar si existe o no la probabilidad positiva o no de la imputación; así mismo tiene la facultad de autorizar los registros con prevención de allanamiento entre otras.
Posición Institucional de Ministerio Público, Procuraduría General y/o Fiscalía
El Misterio Publico, esta compuesto por la Fiscalía General de la República ( quien se encarga de dirigir la investigación y promover la acción penal); Procuraduría General de la República ( encargada de ejercer la defensa técnica a los procesados ante los tribunales de Justicia) y La Procuraduría para la Defensa de los Derechos Humanos ( Institución creada con la firma de los acuerdos de Paz, la cual se encarga de velar por los derechos humanos) .